农民工权益保护存在的问题：

1、劳动关系不规范。

部分用人单位没有按《劳动法》要求与劳动者签订劳动合同，或合同到期后没有及时续签。部分已签订的劳动合同也存在着许多“不平等”和“不合理”的内容和条款。如一些从事建筑、采矿等危险行业的用工单位私下与农民工签订“事故责任自负”的“生死合同”。

2、部分农民工劳动权利受到侵害。

主要表现在：

一是加班不给或少给加班工资。多数农民工劳动时间长、强度大、待遇低。一些私营企业，每天工作时间在10个小时以上，有的高达18个小时，超时工作现象严重。

二是拖欠甚至拒绝给付工资和其它福利待遇。在农民工合法权益保护方面存在不少问题：如非法使用童工，不与农民工签订劳动合同，拖欠工资，收取抵押金，强迫劳动等行为。

三是休息休假权利没有落实。不少用人单位在元旦、春节和国际劳动节等国家法定的节假日也不让农民工休息。

四是工作环境恶劣，缺乏劳动保护。有的用人单位不给农民工配发必要的劳动保护用品，农民工经常进行“没遮拦”作业，导致农民工职业病发病率较高，容易造成伤亡事故。

农民权益受到侵权如何进行保护？

根据《农业法》规定，农民权益受到侵犯后，可以通过以下渠道进行保护：

（1）权益受侵害的农民或者农业生产经营组织可以向各级人民政府及其有关部门反映情况和提出合法要求，人民政府及其有关部门对农民或者农业生产经营组织提出的合理要求，应当按照国家规定及时给予答复；

（2）权益受侵害的农民或者农业生产经营组织可以依法申请行政复议，有关人民政府及其有关部门应当依法受理；

（3）权益受侵害的农民或者农业生产经营组织可以向人民法院提起诉讼，人民法院应当依法受理；

（4）权益受侵害的农民或者农业生产经营组织可以申请法律援助，人民法院和司法行政主管机关应当依照有关规定提供法律服务。

此外，还可以向人民调解委员会申请调解，或向仲裁机构申请仲裁。